Para iniciar de forma simples o JavaDB de dentro da sua aplicação, você só precisará de três jars e o código abaixo:
Jars:
derby.jar, derbyclient.jar e derbynet.jar
Código:
PrintWriter pw = new PrintWriter(System.out);try {org.apache.derby.drda.NetworkServerControl servidor = new org.apache.derby.drda.NetworkServerControl(InetAddress.getByName("localhost"), 1527);servidor.start(pw);} catch (Exception ex) {Logger.getLogger(JnApp.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);}